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明朝设知置的是内阁，被废除的是中书省和丞相。
中书省和丞相是以皇帝为核心的中央政府的一部分。丞相协助皇帝管理一切军国大事，即所谓的“掌丞天子，助理万机。”逢有机要事情皇帝召集公卿、二千石、博士共同在御前商议，避免专断。道一般政务，则由丞相决定即可施行。皇帝有事，常向丞相咨询，丞相有时可封驳诏书，表示对皇帝命令持保留态度。皇权与相权既相互依靠又相互制约。
而明朝由于废除丞相，皇帝乾纲独断回，所以明朝的内阁始终不是法定的中央一级的行政机构和决策机构，而是为皇帝提供答顾问的内侍机构。阁臣的升降由皇帝决定，治权的大小的皇帝旨意而定。内阁是君主专制强化的产物，不可能对皇权起到制约作用。
御史台
自秦代确立监察制度以来，单线垂直的监察体系就初具规模，秦在中央设立了最高监察机构御史府，其长官是御史大夫。在御史大夫之下设御史中丞、侍御史、监察史等各级监察官员，而以监察史负责地方各郡的监察事务。汉承秦制，以御史大夫为全国最高长官，全国最高监察机构亦称御史府，又称御史大夫寺，别号“宪台”。汉代在御史大夫之下设有御史中丞和中丞，其具体的职务是内掌图书秘籍，外督十三部刺史，举劾案章，居殿中察举非法。御史中丞之下设御史、侍御史，其具体职责是监察违法、举劾违失、受理中央诸公卿奏事，典法度、掌律令、督察部刺史等。汉代在完善中央御史府机构的基础上，还先后设立了丞相司直和司隶校慰。司直系丞相，司隶则直属皇帝。汉代在地方设立监察区，汉武帝时将全国划分为十三个监察区，称为州部，各州部均设刺史一名，直接听命于皇帝及中央御史府。这样，汉代监察单线垂直的独立体系遂告成形。 到了三国魏晋南北朝，监察制度经历了一个较低落的发展时期之后，进入隋唐，随着皇权的再次强化，发展到了一个鼎盛时期。隋代中央监察机构沿用东汉以来的名称御史台，首长仍为e69da5e887aae799bee5baa6e997aee7ad94337御史大夫。唐代的监察制度在单线垂直独立体系的建设上最具规模。唐代在中央设御史台，为最高监察机构，至唐高宗时改名为宪台，武后临朝，又改为肃政台。唐中宗时，又改为左右御史台。唐代中央监察机构不同于前代的是，在御史台之下设立三院，即台院、殿院和察院，三院分立，相互牵制，相互配合，形成一个完善严密的中央监察机制。这是唐代中央监察系统高度完备的重要标志。其中，台院是御史台的基本构成部分，有侍御史四人，行权对象主要是中央各级官员，并可以参加审判机构的案件审理。察院与台院相辅，主要权力是负责巡按和监察地方各级行政官员、唐太宗贞观十八年，派遣官员分十七道巡察地方州县。唐玄宗时，增改全国为十五道监察区，监察和纠弹地方官吏。 宋元明清时期的监察制度，在单线垂直的独立体系方面虽大致沿袭前代，但在某些方面还是有重大创设和发展。例如，实行台谏之制，即中央监察机构将御史台与谏院合一，下设台院、殿院和监院。宋代在地方设置的监察机构较前代更趋复杂，总称为“监司”，主要由中央派转运使、按察使、观察使、通判、走马承受等对地方执行多元交叉的监察。就是由中央御史台察路级政府，以路线政府察州县长官，同时将路对州县的监察权一分为四，由转运使等分掌。此外，在州一级设通判一职，专掌州县监察。元代中央的监察机构，废除了唐宋以来的御史台三院制，设察院和殿中司，而以察院为主。元代在地方设置了行御史台的监察机构，下辖内台、江南行御史台、陕西行御史台，使中央和地方单线垂直的监察体系更为强化。明太祖时废除御史台，在中央新设都察院，完成了自宋元以来监察独立体系的一个转变，都察院长官称台长。明代废除宰相制度之后，六部直属皇帝，在六部各设一都给事中，称“六科给事中”，加强了对六部官员的监督。明代在地方设十三道监察御史。到了清代，其单线垂直的独立监察体系基本沿用明制。
明朝开国后不久，朱元璋就废除了宰相制度。朱棣登基后设立内阁。（官员zhidao称内阁大学士）这时按理说没有所谓意义上的最高官职了。连太傅，太师等一品高官也都是一种形式上的荣誉，很多官员熬出一生也只能拼得二品。权力分散到两京六部，各个地方甚至都要讲司法，版行政，军事分得很清，形成“一山容三虎”的局面。——所以后期有巡抚、督师等官职。
后来内阁的权力渐渐扩张一发不可收拾，中后期涌现出徐阶，张居正，高拱等权臣（帝国的实际统治者），也算是另一种形式的宰相，或者说早已超越了宰相的职权。比如张居正的改革就可证实这一点。
明朝设立了御史台（言官部门），六权科给事中（监管六部）等类似于这样“官小权大”的机构。
军事上有五军都督府（中央），都指挥使（地方性）这样的机构。
明代建立初期，朱元璋攻下南京后仿照元朝的官制设立御史台，到洪武十三年废立，洪武十五年又设立都察院行使原御史台的职责。以下是明史的原始记录：
“初copy，吴元年置御史台，设左、右御史大夫，从一品，御史中丞，正二品。以邓愈、汤和为御史大夫，刘基、章溢为御史中丞，十三年，专zhidao设左，右中丞，正二品，寻罢御史台。十五年更置都察院。”